No dia 26 de maio de 2002, o caseiro Clodoaldo Ribeiro matou o médico com um tiro na cabeça. Naquela noite, o médico João Jorge Filho foi supostamente sequestrado de dentro de casa e assassinado. O corpo foi encontrado no canavial da comunidade de Vila Flor, no município de Canguaretama. As investigações apontaram que sua companheira teria sido a mandante do crime.

Ela teria seduzido o caseiro da residência e articulado a morte do médico. Segundo a Policia Civil, o caseiro Clodoaldo Ribeiro teria sequestrado e matado a vitima por R$ 10 mil, que seriam pagos em cheque. O acusado confessou o crime e disse que Shirlei foi a mandante. Segundo ele, a mulher queria ficar com a herança do companheiro.

Na versão de Shirley, ela foi a vítima. Teria sido sequestrada junto com o marido. Após a morte de João Jorge, Shirley teria sido encapuzada, jogada nua no porta malas do carro e ficado refém de Clodoaldo por dois dias. Com os braços presos, ela teria sido estuprada oito vezes e não teria visto o rosto do acusado. Na época, os filhos da vitima estranharam a versão de Shirley e começaram a investigar o caso.